Стюарта, он не находил в войне ничего романтического. Он не ностальгировал по воображаемой славе прошлого. В отличие от Шермана, Ли не поощрял своих солдат жечь и грабить на вражеской территории; более того, он сурово наказывал их даже за мелкое воровство, когда оно доходило до его сведения. Он не пытался вести войну против мирных жителей: он считал это нецивилизованным. Некоторые военные историки критикуют его за то, что у него не было "осадного поезда" тяжелой артиллерии, готового к использованию против северных городов, таких как Вашингтон или Балтимор; но, во-первых, у Конфедерации не было средств для приобретения или производства эквивалента тяжелой артиллерии Макклеллана, и, что более важно, Ли не хотел подвергать вражеское гражданское население бомбардировкам. Во многих отношениях Ли был человеком скорее восемнадцатого, чем девятнадцатого века по своему мышлению, хотя в профессиональном плане он принадлежал своему веку. Будучи инженером по образованию, он понимал технологии гораздо лучше, чем ему приписывают, и, когда мог, использовал их - новаторское использование Ли артиллерии, установленной на вагонетке, является хорошим примером его готовности принять новые идеи. Тем не менее, стоит отметить, что Ли использовал железнодорожную пушку для нанесения удара по складам снабжения Макклеллана, в то время как "осадный поезд" Макклеллана предназначался для того, чтобы сравнять Ричмонд с землей и убить тех мирных жителей, которые не покинули свои дома.

Несмотря на то, что Ли начал заниматься грандиозной стратегией, его главной задачей в первые две недели июня 1862 года была разработка стратегии, которая позволила бы оттеснить Макклеллана от Ричмонда и, по возможности, вообще изгнать его с полуострова. Он был прав, полагая, что Конфедерация не может рассчитывать на иностранную поддержку или признание до тех пор, пока ее столице угрожает опасность со стороны превосходящей по численности армии, окопавшейся всего в нескольких милях от нее. Тот факт, что Конфедерации могло бы быть лучше, если бы ее столица не была перенесена из Монтгомери, штат Алабама, не входил в обязанности Ли, но сохранение Ричмонда входило в его обязанности.

Еще до вступления в командование армией Северной Вирджинии Ли понимал, что ключом к поражению Макклеллана на полуострове является быстрая, тайная переброска сил Джексона в долину Шенандоа на время, достаточное для того, чтобы объединенные войска нанесли сокрушительный удар по правому флангу Макклеллана. Именно с учетом этого Ли осуществлял общий надзор за операциями Джексона, хотя Джексон по-прежнему находился под командованием Джонстона. Ли пытался понять сложный, скрытный и порой непроницаемый характер Джексона с помощью обмена письмами, которые не только раскрывали мысли и планы Ли, но и мягко вытягивали из Джексона. Редко когда два генерала переписывались с такой откровенностью и взаимным восхищением - и с такими плодотворными результатами. К июню 1862 года Ли уже не нужно было подробно излагать Джексону свои мысли; ему достаточно было намекнуть, чего он хочет, и предоставить Джексону разработать подробный план и график действий.

8 июня Ли написал Джексону письмо, в котором поздравил его с походом на Винчестер, который, как он писал, был "проведен с вашим обычным мастерством и смелостью", и предупредил, чтобы он был готов перебросить все свое командование в любой момент. "Если в долине не будет ничего, требующего вашего внимания, что помешало бы вам покинуть ее на несколько дней, и вы сможете принять меры, чтобы обмануть врага и внушить ему мысль о вашем присутствии, пожалуйста, дайте мне знать, чтобы вы могли в решающий момент объединиться с армией под Ричмондом".

11 июня Ли удалось наскрести еще четырнадцать полков для подкрепления Джексона, "цель которого - сокрушить противостоящие вам силы", и несколько прояснить свои собственные планы. "Оставьте свои поредевшие войска наблюдать за местностью и охранять перевалы, прикрываемые вашей кавалерией и артиллерией, а сами с основным корпусом... быстро двигайтесь к Эшленду по железной дороге... ...и прочесывайте местность между Чикахомини и Памунки, перерезая коммуникации противника и т.д., в то время как эта армия атакует генерала Макклеллана впереди. Таким образом, я думаю, он будет вытеснен из своих окопов, где он сильно укреплен на Чикахомини, и, очевидно, готовится двигаться постепенными подходами на Ричмонд".

Это было важнейшее письмо: в нем намерения Ли были предельно ясны, как и его забота о безопасности. Военная разведка в Гражданской войне была плохо организована с обеих сторон - шеф шпионов Союза Аллан Пинкертон, хотя и был эффективен в предотвращении заговоров против Линкольна, постоянно переоценивал численность сил Конфедерации, что способствовало убеждению Макклеллана в том, что он столкнулся с силами, в два или три раза превосходящими его собственные, но тот факт, что в войне не было "иностранцев", затруднял обеспечение безопасности при перемещении большого количества людей. К счастью, ни один командующий не был так одержим безопасностью, как Джексон, который редко делился своими планами даже с собственными старшими офицерами. Он следил за тем, чтобы санитарным машинам Союза не разрешалось пересекать линию фронта, забирая раненых, а "носителям флага перемирия" внушали "как можно больше мыслей о сильном наступлении [на север] с нашей стороны, и пусть они возвращаются под таким впечатлением". Джексон также положил конец практике, когда местным жителям разрешалось "перегонять свой скот по эту сторону линии". По мере возможности он стремился "прервать связь между нами и врагом" и делал это весьма эффективно - немалое достижение в Долине, где не было простого способа отличить сторонника Союза от сторонника Конфедерации.

В Ричмонде штаб Ли занялся подготовкой железнодорожного транспорта для людей и лошадей, а также фуража для лошадей, в то время как Ли продолжал убеждать Джексона в необходимости скорости и секретности. "Передвигая свои войска, - писал он Джексону 16 июня, - вы могли бы дать понять, что преследуете врага впереди... . . Чтобы быть эффективным, движение должно быть тайным. . . Будьте осторожны и скрывайте от друзей и врагов свою цель и намерение лично покинуть долину". Со своей стороны, Джексон скрытно встречался даже со своим собственным кавалерийским командиром, написав из "Пещеры Уайета": "Если вы сможете встретиться со мной в Стонтоне к 5 часам завтрашнего утра, я надеюсь, что вы это сделаете. . . . Я буду на своей лошади в северной части города, так что вам не придется меня разыскивать. Я не хочу, чтобы стало известно, что я отсутствую в этом месте".

Ли командовал армией Северной Вирджинии всего две недели, но его энергия и целеустремленность уже коснулись каждого человека, от генерала до рядового. Он быстро захватил инициативу, не просто реагируя на действия Макклеллана, как это делал